De kerk van Santa Maria is een belangrijk hoogtepunt in het Mosteiro dos Jerónimos. Het heeft een prachtige buitenkant met manuelijnse architectuur. De kerk werd gebouwd in de 16e eeuw, maar blijft bezoekers verbazen met het ingewikkelde steenhouwwerk, de ribgewelven en de mooie gebrandschilderde ramen. Bezoekers zijn ook verbaasd over de grote bogen, hoge plafonds en andere elementen van de kerk van Santa Maria.